動物消化道內(nèi)存在著龐大的微生物體系，如：豬胃腸道微生物數(shù)量是體細(xì)胞的10倍，有30 多個屬、500多種微生物。這些微生物遍布胃、小腸及大腸。不同部位微生物的種類、數(shù)量也大不相同。
消化道微生物的分布：消化道微生物可分為固定菌群和過路菌群，前者是指在消化道中占有特定區(qū)域的微生物，后者指那些不能在健康動物消化道內(nèi)長時間滋生的微生物。
胃
因pH值過低，不適合多數(shù)微生物的生長，微生物的種類和數(shù)量都很少。只有乳桿菌、腸細(xì)菌、鏈球菌和芽孢桿菌等少數(shù)細(xì)菌可以存活。
小腸
上部微生物較少，回腸末段微生物最多。十二指腸和空小腸上部微生物較少，是因?yàn)槲杆釋碜钥谇缓褪澄镏械奈⑸餁⑺�，而且該段腸道蠕動快、飼料停留時間短、膽汁有殺菌作用等的緣故;從十二指腸到回腸末端，總菌數(shù)和活菌數(shù)是逐漸增加的，且發(fā)酵速度也加強(qiáng);在回腸末段，pH值仍較低，氧化還原電位為陰性，有利于專性厭氧菌繁殖，因而此處微生物最多，并且95%以上為厭氧菌。
小腸中分離出來的主要細(xì)菌包括乳桿菌、雙歧桿菌、消化球菌、腸梭菌和腸球菌等。另外，從小腸后段還分離出酵母菌。
大腸
微生物數(shù)量最大，主要是嚴(yán)格厭氧菌，也有兼性厭氧菌。大腸細(xì)菌主要為革蘭氏陽性菌，包括鏈球菌屬、乳桿菌屬、真菌屬和梭菌屬等，革蘭氏陰性菌有類菌體屬、醋酸弧菌屬和月形單胞菌屬等。豬大腸內(nèi)的總菌數(shù)和活菌數(shù)在消化道生態(tài)系統(tǒng)中數(shù)量最大。
未消化的食物殘渣在大腸中流動速度慢，因而有相當(dāng)數(shù)量的物質(zhì)可被用來發(fā)酵。豬盲腸體積大，而且有大量食物停留，所以其中的細(xì)菌群落數(shù)量大、種類多。盲腸食糜中的細(xì)菌濃度估計為2.37?1010個/g，粘附于盲腸壁的細(xì)菌數(shù)量大約為2.67?107個 /cm2組織表面積。盲腸內(nèi)主要的革蘭氏陽性菌、瘤胃類桿菌和反芻月形單胞菌屬分別占35%和21%;結(jié)腸內(nèi)容物細(xì)菌濃度估計為1.33?1011個 /g，粘附于結(jié)腸壁的細(xì)菌數(shù)量大約為5.7?107個/cm2組織表面積。
消化道微生物的生理作用：維持相對穩(wěn)定的腸道正常微生物體系，對于動物健康具有重要意義。
免疫作用
影響體液免疫、細(xì)胞免疫和局部免疫，尤其是局部免疫;大量實(shí)驗(yàn)表明，豬的消化道粘膜的固有層中廣泛分布有淋巴細(xì)胞，這些淋巴細(xì)胞在腸道正常菌群(大腸桿菌、鏈球菌、腸球菌等)的刺激下可轉(zhuǎn)化為漿細(xì)胞，產(chǎn)生IgA，當(dāng)IgA通過粘膜上皮細(xì)胞到粘膜表面時成為分泌型IgA。IgA集中于粘膜表面，所以抗感染能力很強(qiáng)。
生物拮抗
對外襲菌入侵有拮抗作用。消化道正常微生物體系有助于宿主抑制外源入侵的病原微生物，預(yù)防細(xì)菌性腹瀉等腸道疾病。
營養(yǎng)作用
腸道微生物有助于消化所采食的營養(yǎng)物質(zhì)，提高消化率;微生物發(fā)酵產(chǎn)生的揮發(fā)性脂肪酸(VFA)，合成的B族維生素及維生素K等，這些營養(yǎng)可被豬利用;微生物可以利用腸道中的內(nèi)源性氮合成自身的菌體蛋白，為動物提供微生物蛋白質(zhì);微生物還參與脂類代謝、糖代謝，產(chǎn)生消化酶，如淀粉酶等。
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